Научные приоритеты исследований С.С. Якушина и сотрудников кафедры в последние 2 десятилетия лежат в области кардиологии и ревматологии. Так, под его руководством на кафедре стали развиваться принципиально новые направления эпидемиологических исследований при ОКС, ХСН, а также факторов
риска сердечно-сосудистых заболеваний в популяции Рязанской области (исследования РЕЗОНАНС, ЭПОХА, МЕРИДИАН-РО).
Профессор Сергей Степанович Якушин за годы научной деятельности опубликовал свыше 650 научных трудов, 13 монографий, 3 авторских свидетельства на изобретения и патенты. Под его руководством успешно защищено 30 кандидатских и докторских диссертаций.